Na inicijativu i u organizaciji Primorsko-goranske županije, dana 7. travnja 2001. godine u Novom Vinodolskom, organiziran je susret predsjednika i tajnika županijskih skupština. Poticaj za ovaj susret bila je i potreba razmatranja uspostavljanja institucionalne suradnje hrvatskih županija, osobito u svjetlu novih zakonskih rješenja koja upućuju na osnivanje nacionalne udruge županija.

Tom prigodom razmotren je i nacrt osnivačkog akta - Sporazuma o osnivanju nacionalne udruge (zajednice) hrvatskih županija pripremljen u Tajništvu Osječko-baranjske županije. Dogovoreno je da se u razdoblju nakon izbora za predstavnička tijela, temeljem ove inicijative nastave konzultacije kako bi se dovršio postupak pripreme te osnovalo ovo udruženje. Funkcija Inicijativnog odbora povjerena je predstavnicima županija domaćinima susreta u Novom Vinodolskom i Osijeku (Primorsko-goranske i Osječko-baranjske županije).

Polazeći od ovog zaključka, oblikovana je potrebna dokumentacija za osnivanje nacionalne udruge županija Republike Hrvatske. Poticaj ovoj inicijativi dao je i novi Zakon o lokalnoj i područnoj (regionalnoj) samoupravi. Slijedom toga, pripremljen je i postupak razmatranja odnosno usuglašavanja stanovišta potencijalnih članica prošao je nacrt Sporazuma o osnivanju udruge, nakon čega je utvrđen njegov prijedlog koji je dostavljen svim hrvatskim županijama na usvajanje.

Prema članku 7. ovaj Sporazum smatra se zaključenim kada ga prihvati više od polovice županija u Republici Hrvatskoj, a to je 11 od 20 županija. Člankom 9. Sporazuma ovlašten je Inicijativni odbor za osnivanje Zajednice da, nakon što utvrdi ovu činjenicu, sazove konstituirajuće zasjedanje Skupštine Zajednice.

Do trenutka sazivanja konstituirajućeg zasjedanja Skupštine odluku o prihvaćanju Sporazuma o osnivanju Hrvatske zajednice županija donijelo je ukupno jedanaest županija i to:

1.	Dubrovačko-neretvanska županija,
2.	Istarska županija,
3.	Karlovačka županija,
4.	Ličko-senjska županija,
5.	Međimurska županija,
6.	Osječko-baranjska županija,
7.	Požeško-slavonska županija,
8.	Primorsko-goranska županija,
9.	Virovitičko-podravska županija,
10.	Vukovarsko-srijemska županija i
11.	Zadarska županija.

U subotu, 29. svibnja 2004. godine, s početkom u 9:30 sati u Kongresnoj dvorani Hotela Ambasador, održana je 1. redovna sjednica Skupštine Hrvatske zajednice županija. Sjednici su prisustvovali predstavnici svih 14 Županija članica Zajednice, odnosno 31 od 42 člana Skupštine Zajednice. Na sjednici je usvojen Statut Hrvatske zajednice županija i ostali opći akti. Donošenjem Statuta Zajednice očekuje se da će do kraja ove godine Zajednica postati pravna osoba, odnosno registrirati se kao udruga.

Nakon sjednice Skupštine u svibnju 2004. godine, slijedom odluka svojih Županijskih skupština, Zajednici su pristupile:

1.	Bjelovarsko-bilogorska županija,
2.	Brodsko-posavska županija,
3.	Koprivničko-križevačka županija i
4.	Varaždinska županija.

U 2005. godini Zajednici su pristupile:

1.	Sisačko-moslavačka županija i
2.	Šibensko-kninska županija